Creo que no es problema tuyo que, cuando la compañía suministradora de agua instaló en su momento el contador en tu casa, lo hiciera mal. Por ello, difícilmente puede ser legal 1º) que te obliguen a sacarlo de tu vivienda, con el consiguiente perjuicio por obras, molestias, etc, y 2º) que tengas que pagar tú los gastos de esa obra. La única represalia -de muy dudosa legalidad- sería cortarte el suministro de agua, pero ¿cómo lo iban a hacer, si tienes el contador dentro de tu casa?

Además, para entrar en tu casa sin tu consentimiento y cambiarte el contador tendrían que tener una orden judicial, orden que, difícilmente desde mi punto de vista, otorgaría un juez para este tipo de casos.
De cualquier modo, lo que procedería es que la empresa te pidiera permiso para sacarte el contador, sin correr con ningún tipo de gasto.